Esta obra, principiada pelos franciscanos observantes em 1245, em estilo gótico , foi reconstruída em 1383 e só foi terminada em 1410. Na frontaria destacam-se duas peças: a rosácea e o portal. A rosácea formada por colunelos radiantes ligados por arcos, simboliza a Roda da Fortuna. o portal, que já não é o primitivo, em estilo barroco, é composto por dois corpos, ambos com colunas salomónicas. No corpo superior está um nicho com a imagem de S.Francisco. Na fachada meridional, vêem-se janelas bilobuladas da época manuelina, um portal gótico com gabelete e três arquivoltas ornadas com esferas e arcos de ferradura.
Interior
O interior divide-se em três naves com 4 tramas, sendo a central mais alta e iluminada pela luz que lhe vem da rosácea e das respectivas frestas. As laterais são continuadas por absidíolos. A planta do templo, devido a acrescentos posteriores, aparenta ter transepto saliente, para o qual dão as três capelas da cabeceira e a capela de João Carneiro.
Quatro dos tramos e dois arcos sustentam o Coro, por baixo do qual está uma sepultura do século XIlI/XIV.
A talha da Igreja de S.Francisco não obedece a um todo linear, já que foi resultado de várias campanhas estilisticas, durante um periodo de aproximadamente cem anos, pelo que planteia trés estilos: Nacional , Joanino e "Rocaille”
A capela de S. João Baptista, da autoria do arquitecto Diogo de Castilho, foi mandada construir por João Carneiro, nos finais do século XV. No retábulo, do século XVI, existe uma pintura representando o baptismo de Cristo no Rio Jordão. Abre a capela um portal manuelino.
Na capela dos Reis Magos, que foi dos Brandões Pereiras, numa edícula aberta por um arco em estilo renascença, estão dois formosos. Um outro, de tamanho menor e com a data de 1501, encontra-se pousado no pavimento.
Na capela de Sto António existe uma imagem do mesmo, do século XV.
Destaque também, para a pintura mural da Senhora da Rosa que remonta ao princípio do século XV. Nela aparecem os doadores, que já têm sido interpretados como D. João I e D. Filipa de Lencastre. É obra de influência italiana.
À entrada da igreja vê-se o nicho de S. Francisco, padroeiro da Ordem, cuja imagem em trabalho grosseiro só tem curiosidade por ter sido talhada num único bloco de granito.