A tradição diz que o primeiro convento Franciscano em Portugal foi fundado por São Francisco em Bragança, no ano 1214, mas existe pouca ou nenhuma evidência que o fundamente. A chegada a Portugal de Zacarias e Frei Gualter Frei por ordem de São Francisco em 1216 parece ser mais provável, já que neste ano e no ano que se seguiu, eles fundaram os mosteiros de Coimbra, Lisboa e Guimarães, sob a proteção da rainha, Dona Urraca.
A pedido de Dona Sancha, irmã de D. Afonso II, Frei Zacarias construiu o mosteiro de Alenquer. Mais tarde, em 1224, os franciscanos se estabeleceram em Évora e em 1232 mudam-se para Leiria, onde também estabelecem um mosteiro. Em 1233 esses frades, receberam uma decisão pontifícia de Gregório IX dirigida ao bispo do Porto e Capítulo aconselhando-os a não interferir na fundação de um Convento na cidade.
O clero secular e de outras instituições religiosas não aceitou os franciscanos, antagonizando e perseguindo-os. Este estado de coisas foi generalizada e a perseguição seguiu-os onde quer que eles se instalavam.
A arquitetura do norte de Portugal foi significativamente românica e este novo estilo apareceu como uma novidade, embora no sul do país, os primeiros passos já tinha sido tomada no novo "estilo gótico".
Tavares Chicó no seu livro sobre arquitetura gótica em Portugal, intitulado "Arquitectura Gótica em Portugal", escreve que "as características especiais dos monumentos das ordens mendicantes construído no século XIII, dá origem a um estilo reconhecidamente nacional de arquitetura, apesar da relativa pobreza da escultura e do aspecto arcaico de certas soluções ".
Comparando-a arquitetura alemã ele afirma que: Na igreja Portuguesa, que é muito maior, mas também muito mais pobre em relação ao material utilizado, os arcos em divisão são muito mais elevados, as janelas que descansam em cima dos pilares e, de acordo com o ideal franciscano são cobertas com madeira. O cruzeiro é saliente, menor do que a nave central e capela-mor mais baixa do que o transepto. "
A análise a seguir é também pelo professor Chicó, no mesmo livro:
A vida para os franciscanos foi extremamente difícil na época, tanto que o Papa Gregório IX emitiu uma Bula em 1233, que se queixou de que os bispos, abades, reitores, decanos, archi-decanos e outros prelados estavam colaborando em persegui-los, mas mesmo assim foi no Porto que mais sofreram essa perseguição.
Apesar de tudo isso, esses discípulos de São Francisco atrairam a devoção e generosidade dos fiéis tanto que um devoto doou um terreno em um lugar conhecido como Redondela, situado no lado norte do monte ao lado Miragaia, para que o mosteiro pudesse ser erguido no local.
No entanto, as disputas entre os franciscanos e do bispo e Capítulo continuou até os frades finalmente aceitarem uma proposta para deixar a cidade do Porto para fundar um mosteiro em Gaia.
Mais tarde, de acordo a bula papal ", Bulla Doelentis accepimus" o Papa Inocêncio V ordenou que o lugar deixado por frades em 1224 seria restaurado para eles.
"Na igreja de São Francisco, no Porto - uma igreja, que é mais vasta e mais vertical do que a de Santa Maria da Leya, com abside e em que as janelas são decoradas como nas igrejas galegas das ordens mendicantes e com exceção da folhagem das capitais do coro e as peças ao lado, é um estilo românico de motivos florais.
O edifício de estilo gótico iniciada pelos frades observantes em 1245 foi reconstruída em 1383 e concluído somente em 1410. O mosteiro sofreu uma reconstrução, e só foi concluído em 1425. Esta foi provavelmente a mais importante melhoria realizada sob o patrocínio eventual do rei, D. João I. Como prova de sua estima para com os frades . D.João I escolheu ficar neste convento durante o seu casamento com Filipa de Lancaster.
A construção inicial aparece, por outro lado, ter sido muito simples, já que a abside, a rosácea e as cúpulas reticuladas parecem pertencer a esta reconstrução posterior.
As capitais colunas são decoradas com uma forma puramente imaginário de decoração botânica muito em voga no período de processo e que inclui animais de quatro patas com focinhos de perfil elegante.
Nos séculos XV e XVI, algumas famílias nobres da cidade, entre eles o de família Brandão e da família Carneiro, escolheu esta igreja como seu panteão. Em vista disso, com o passar do tempo e o crescente conhecimento de novos gostos, a igreja passou por mudanças.
Nos séculos XVII e XVIII, o interior foi totalmente coberto com decoração em madeira dourada entalhada, uma expressão de uma riqueza decorativa significativa no Porto, que escondia a sua estrutura original, foi neste momento que foi certamente ampliada e foi construido o coro alto.
No final do cerco do Porto, em 1833, um incêndio, causado pelas espingardas das forças Miguelistas, destruiu os claustros antigos, parte da Igreja e, em particular o alpendre o qual foi substituído por um em estilo barroco, que existe hoje . A única parte do fachada original que permanece é a rosácea.
Embora danificados pelo tempo, a varanda lateral virada para o rio ainda tem o projeto original, colunas e arcos ogivais. O interior da igreja tem três naves, a nave central sendo o mais alta, e é iluminada pela rosácea e as aberturas acima dos laterais. (Guide book)