Um dos primeiros espaços construídos - a Capela do Palácio, também projectada por Mateus Vicente de Oliveira - compreende uma só nave, tendo individualizados os espaços da capela-mar de planta oitavada e o do coro. A cúpula da capela-mar é exteriormente revestida por uma cobertura de cobre em forma de bolbo, ao gosto alemão, talvez por influência indirecta de Frederico Ludovice, de quem Mateus Vicente fora discípulo e colaborador em Mafra. A obra de talha dourada de inspiração rocócó, executada sob a direcção de Faria Lobo que em Queluz trabalharia cerca de trinta e cinco anos, até 1787 . encontrava-se concluída já em 1752, integrando painéis gradeados, anjinhos, grinaldas e volutas de talha dourada, sendo as molduras recoradas de painéis de pintura e elegantemente decoradas com ramagens, filetes e gavinhas, de grande elegância e perfeição técnica.

O retábulo da capela-mor - representando N. Sra. . da Conceição, orago de Queluz - da autoria de André Gonçalves (1687-1762), concluiu-se em 1752. Da sua autoria são também os painéis dos altares laterais, representando S. Francisco de Paula e a prisão de S. Pedro e S. Paulo, tendo o primeiro sido posteriormente substituído por um quadro de Pedro Alexandrino de Carvalho (1730-1810) e 1752 datam igualmente as pinturas do tecto, da autoria de José Gonçalves Soares.