Embora a Misericórdia de Aveiro tenha sido instituida em 1498, a sua sede espiritual era na antiga Igreja de S.Miguel, esta actual Igreja terá tido inicio de construção em 1609 segundo a direcção e desenho de Gregório Lourenço, e a capela mor terá sido concluida em 1651-55 sobre a direcção de Manuel de Azenha. Representa um belíssimo exemplo da arquitectura religiosa maneirista.